Cody Banks (Frankie Muniz) är som vilken annan ung tonåring som helst, han går i skolan, har kompisar, spelar tv-spel - och är hemlig agent. Han har blivit rekryterad till ett träningsprogram på CIA som ingen utav Codys kompisar eller familj känner till och när världen har problem så kallar de in unge Cody. Han får komma till en militäranläggning där generaler och ansvariga har samlats för att få del av problemet som hotar världen. Det är en galning som har utvecklat så kallade nano-robotar som kan förstöra allt de kommer över.

Den påhittige 14-åringen Jason Shepard (Frankie Muniz) har än en gång lyckats komma för sent till skolan och kravlar in igenom ett fönster in till klassrummet. Hans lärarinna ställer honom mot väggen och vill prompt höra hans uppsats som de skulle skrivit till idag. Han har inte skrivit någon uppsats och börjar därför bortförklara sig med följande historia: