Susan Cooper (McCarthy) arbetar som CIA-agent. Efter att ett uppdrag går snett och identiteterna för alla agenter röjs, tar Susan på sig ansvaret att slutföra uppdraget. Hennes uppgift är att lokalisera en misstänkt brottsling, men hon hamnar istället mitt i klorna på Rayna Boyanov (Rose Byrne), ledaren för ett terrornätverk kopplat till CIA. För att överleva måste Susan gå ännu djupare in i sin täckmantel.
I din telefon finns en egen värld. Gömd i meddelande-appen ligger Textopolis, en storstad där alla dina emojis bor. I denna värld har alla invånare enbart ett ansiktsuttyck – alla utom Gene (T.J. Miller, svensk röst av Daniel Norberg), en uttrycksfull emoji född utan filter och med förmågan att visa en rad olika känslor, vilket han kämpar emot på alla sätt och vis. Han misslyckas naturligtvis och sätter igång en dominoliknande historia som kan leda till att telefonen får en fabriksåterställning - en telefons motsvarighet till en apokalyps.
