Andra världskriget. Strider överallt. Ett gäng speciella brittiska soldater, med speciella erfarenheter, får ett uppdrag att förstöra två av tyskarnas ubåtar i Afrika. För att genomföra detta tar gruppen en fiskebåt och poserar som svenska fiskare för att ta sig förbi tyskarnas båtar och vakter. Även om Sverige är neutralt under kriget så drar sig ju inte de tyska trupperna att borda båtar, och göra livet surt för svenskarna.
Steve Zissou (Bill Murray) är en undervattensfilmare och som ska ge sig ut på jakt efter den haj som dödade Steves bästa kompis Esteban du Plantier (Seymour Cassel). Han beskriver för filmens åskådare hur hans skepp är uppbyggt och vad som finns bland utrustningen. Skeppet är väldigt fint och har bland annat följande:
Steve: "The sauna, which was designed by a engineer from the Chinese space programme and we keep a Swedish masseuse on staff."
En i raden av alla ubåtsfilmer och inget man direkt har missat, om man bortser från de två referenser till Sverige som finns med i filmen. Den första är då filmens vetenskapsman Harry Rheinhartdt (Tom Conti) är på väg till ubåten och då han säger följande i sin mobiltelefon:
Harry: "No, no Pe... Petersens study was based on that 20-yearold novelty book from the Swedish Institute."
